Miarowy krok wojskowych butów, szum jadących rowerami niemieckich żołnierzy oraz rumor licznych ciężarówek i wozów bojowych zbliżał się z trzech stron – Żnina, Kłecka i Wrześni. Zgodnie z ustalonymi dzień wcześniej warunkami poddania miasta, Wehrmacht przekroczył granice Gniezna o godzinie 10 rano. Zanim jednak do tego doszło, informacja o sytuacji w rejonie doszła już do mieszkańców.
Wszyscy, którzy mieli coś na „sumieniu” przeciwko dawnemu pruskiemu zaborcy, ukrywali ślady swojej działalności. Chodzi o byłych powstańców wielkopolskich, żołnierzy, oficerów na emeryturze itd. Zaczęto chować wszelkie ślady działalności – bagnety, pamiątkowe szable, karabiny, mundury, ordery, dokumenty itd. Do legend miejskich przeszły opowieści pracowników melioracji, którzy po latach w trakcie oczyszczania jezior, rowów i stawów wyciągali z dna pordzewiałe, ww. przedmioty. Ukryto listy z nazwiskami byłych powstańców wielkopolskich, a ci co bardziej zapobiegliwi, znając gorliwość Niemców, zaczęli uchodzić z miasta lub zaczynali się ukrywać.
Wkroczenie Niemców do Gniezna 11 września 1939 roku było ustalone z miejscowym Komitetem Obywatelskim, a dokładniej z ks. mjr. Mateuszem Zabłockim (zob. cz. 2 artykułu). Wchodzący do miasta żołnierze Wehrmachtu mieli zastać spokój i być częstowani wodą, a wszelka broń miała być złożona na rogatkach miasta. O 10 rano na ulicach witali ich jednak tylko niemieccy mieszkańcy miasta, którzy już bez obaw manifestowali swoją przynależność narodową. Jeszcze tego samego dnia władzę w mieście objął komendant wojskowy. Bicie dzwonów w kościele ewangelickim (obecnie garnizonowy) obwieszczało zajęcie miasta, a wkrótce triumfalnie zawisła na nim flaga ze swastyką. Stojący na wieży przedstawiciele SA pozdrawiali Gniezno hitlerowskim gestem. Rozpoczynał się czas okupacji.
Okupacji zapisanej krwią mieszkańców Gniezna i całego regionu, zsyłkami na roboty do Rzeszy, do obozów zagłady, Generalnego Gubernatorstwa. Doszło do likwidacji gminy żydowskiej, doprowadzano do niszczenia śladów polskości oraz zmuszano do niewolniczej pracy. Ośrodkami bestialstwa był Urząd Policji Kryminalnej przy ul. Sienkiewicza 28, siedziba SS (budynek Policji), Gestapo przy ul. Sobieskiego 12, sąd i więzienie przy ul. Franciszkańskiej, obóz przesiedleńczy na terenie Garbarni przy ul. Wrzesińskiej, oraz wiele innych instytucji, a także miejsc publicznych, w których Polacy byli mordowani, katowani, bici i poniżani. Wszystko trwało do stycznia 1945 roku, kiedy to jeden system totalitarny został wyparty przez inny.